Acétylcholinestérase humaine
L'allégation
Des études de docking publiées sur l'acétylcholinestérase humaine (AChE, PDB 4EY7) rapportent des flavonoïdes alimentaires comme inhibiteurs, avec des scores AutoDock Vina d'environ −8,6 à −12,6 kcal/mol. Quelques valeurs se détachent comme particulièrement fortes, notamment la rutine à −12,6 et l'épicatéchine gallate à −12,2 kcal/mol.
La ré-exécution
Nous avons d'abord confirmé que le moteur retrouve le ligand co-cristallisé (donépézil) dans 4EY7 par self-docking : RMSD 0,27 Å, bien sous le seuil de 2 Å. Vingt-deux phytochimiques publics ont ensuite été rejoués avec trois seeds fixes (11, 29, 53), AutoDock Vina à exhaustiveness 64, rescoring par apprentissage profond GNINA, interactions PLIP et un score de consensus (ADS, 0–100). Le bruit d'une seed à l'autre est faible (SD médiane 0,03 kcal/mol).
Ceci est un pilote de démonstration : seules les valeurs-repères de la littérature fournies dans notre brief sont comparées, et aucun chiffre publié n'a été inventé.
Lecture multi-angles
| Composé | Publié | Vina | GNINA | ADS | ± 2 | Interactions |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Luteolin · CID 5280445 | — | -10,36 | 0,42 | 82,6 | — | 11 H-bonds, 6 hydrophobic |
| Quercetin · CID 5280343 | — | -10,18 | 0,26 | 77,9 | — | 12 H-bonds, 7 hydrophobic |
| Apigenin · CID 5280443 | — | -10,19 | 0,32 | 79,6 | — | 7 H-bonds, 7 hydrophobic |
| Kaempferol · CID 5280863 | — | -9,79 | 0,34 | 80,1 | — | 10 H-bonds, 7 hydrophobic |
| Rutin · CID 5280805 | -12,6 Vina (lit.) | -10,13 | 0,44 | 33,1 | ✗ | MW 610, Lipinski-fail, poor ligand efficiency |
| Epicatechin gallate · CID 107905 | -12,2 Vina (lit.) | -9,15 | 0,23 | 33,2 | ✗ | GNINA-contradicted; −12.2 only in a tight gorge box |
| Donepezil (reference) · CID 3152 | — | -11,33 | 0,69 | 76,2 | — | Co-crystal reference; self-docking 0.27 Å |
Vina en kcal/mol (plus bas = mieux) · GNINA score CNN 0–1 (plus haut) · ADS consensus /100 (plus haut). « ± 2 » = écart Vina au publié dans la tolérance de 2,0 kcal/mol.
Exploration 3D
Plein écran →Article interactif : la poche de la cible en 3D, les poses réelles du docking, et tout le pipeline (Vina, GNINA, drug-likeness, ML/DTI, consensus) expliqué pas à pas.
Le constat
Les scores de flavonoïdes en milieu de gamme se reproduisent proprement et stablement (−9,8 à −10,4 kcal/mol). Les valeurs frappantes à −12, non. Le −12,6 rapporté pour la rutine n'est atteignable dans aucune boîte testée ici (au mieux −10,1) ; le −12,2 de l'épicatéchine gallate n'apparaît que lorsque la boîte est étroitement centrée sur la gorge catalytique : une recherche sur toute la protéine donne −9,15, soit un écart de 3 kcal/mol supérieur à tout le budget de bruit des seeds.
Lus par Vina seul, la rutine (−10,1) et l'épicatéchine gallate égaleraient les vrais flavonoïdes. Le consensus multi-angles dit autre chose : il les rétrograde à ≈ 33 / 100 (contre 76–83 pour lutéoline, kaempférol, apigénine) en raison d'une faible efficacité de liaison, d'un échec de Lipinski pour la rutine (MW 610), et d'une contradiction de qualité de pose GNINA pour l'épicatéchine gallate. Les écarts s'expliquent par des boîtes de recherche sous-spécifiées, non par une erreur imputable aux auteurs.
La leçon de méthode
Un ΔG Vina isolé et très bas sur un phytochimique grand ou surdimensionné est plus souvent un artefact de la boîte de recherche ou du protocole qu'une vraie affinité. Rapporter le centre et la taille de la boîte, ainsi qu'une seed, et lire un score aux côtés de l'efficacité de liaison et d'un second moteur, voilà ce qui transforme un chiffre de docking en une allégation ré-exécutable et fiable.